近年来，行政事业单位腐败案件时有发生。在采购活动中，官商勾结行贿受贿频繁发生；财务管理中，贪污挪用公款屡禁不止；人事工作中，招生、滥用职权提拔干部现象突出，等等。落实好内部控制相关规范，很重要的一点在于监督实施，也就是开展行政事业单位内部控制审计。
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一、审计内容
可以根据审计目的、审计力量、审计要求开展专项内部控制审计或全面内部控制审计。专项内部控制审计可以对单位采购供应、财务收支、业务管理、重要干部任免、重大项目投资、重大问题决策、大额资金使用或群众比较关注、反映比较多的事项进行内部控制审计。全面内部控制审计即对被审计单位的内部控制情况进行全面系统地审计评价，审计内容包括单位层面的内部控制审计和经济活动业务层面的内部控制审计。
单位层面的内部控制审计主要从五方面进行：
一是内部控制组织审计，即审计单位内部控制职能部门的组织建设情况。
二是内部控制机制建设审计，即审计沟通协调机制、议事决策机制、内部监督机制及决策、执行、监督相互分离机制的建设情况。
三是管理制度审计，即审计内部管理制度的合理性、有效性、健全性等情况。
四是关键岗位人员的管理审计，即审计关键岗位人员不相容职务相互分离情况及任职资格、工作能力及轮岗要求情况。
五是财务审计，即审计执行国家财务会计制度情况及财务报表真实、可靠情况。
经济活动业务层面的内部控制审计主要从财务收支管理审计、预算管理审计、采购管理审计、合同管理审计、资产管理审计、建设项目管理审计六方面进行。
二、审计重点
内部控制审计应根据被审计单位的实际情况，重点审计控制活动中内部控制的健全性、合理性和有效性；关注关键环节的控制措施及业务风险点，审查、分析和评价重大问题决策、重大项目投资、重要干部任免、大额资金使用及职工有反映的领域控制措施的健全性和运行的有效性。各业务领域应关注的重点包括以下方面：
（一）财务收支业务
主要审计货币资金管理制度、票据管理制度、收入支出管理制度的建立健全情况；支出审批的权限、责任和相关控制措施等；支出审批、审核、支付、核算不相容职务相互分离情况；全部收入归口管理情况，支出事项的真实性、合法性及重大支出集体决策情况。
（二）预决算业务
主要审计预算编制、审批、执行、调整、分析、考核、决算管理制度的建立健全情况；预算相关岗位责任权限明确情况；编制预算、审批预算、执行预算等不相容职务相互分离情况；编制预算的真实性、全面性、准确性情况，年度预算的完成情况，无预算、超预算情况；财务决算真实、完整、准确、及时情况。
（三）采购业务
主要审计采购方式确定制度、供应商选择制度、政府采购管理制度的建立健全情况；请购与审批、采购与验收、采购验收与会计记录、付款审批与付款执行等不相容职务相互分离情况；采购归口管理情况，政府采购管理制度的执行情况。
（四）合同管理业务
主要审计合同管理制度建立健全情况；订立合同与审核不相容职务相互分离情况，合同订立、履行、变更的全过程管理情况及归口管理情况。
（五）资产管理业务
主要审计资产取得、验收、使用、保管、处置管理制度的建立健全情况及相关业务流程的控制要求。资产构建论证、使用管理、变动处置、清查盘点及账实相符情况。
（六）建设项目管理业务
主要审计建设项目管理制度及项目决策机制、招标控制机制的建立健全情况；概预算编制与审核、项目实施与价款支付、竣工决算与竣工审计等不相容职务相互分离情况及相关业务流程控制措施。
三、审计方法
内部控制审计方法多种多样，一般包括以下几方面：
（一）资料检查法
收集、掌握、检查被审计单位现行的内部管理制度，分析管理制度的主要风险点及关键控制环节，从而评价管理制度的健全性、合理性，并检查各项管理制度的合法性，与国家相关法律法规、政策是否冲突，有无制度性缺陷或管理漏洞，是否满足管理要求。
（二）实地观察法
实地查看被审计单位业务活动实际操作过程，掌握业务活动执行程序的实施情况，检查是否执行规定的内部控制措施，评价内部控制措施是否有效，是否存在以权谋私、营私舞弊、不严格遵守内部管理制度情况。
（三）现场访谈法
审计人员现场与被审计单位的人员进行交流访谈，了解内部控制情况，从内部控制体系的设计、运行、建设等方面与被审计单位不同层面人员交流。通过交流，获取审计线索，找准内部控制薄弱环节和关键风险点并进行测试。
（四）调查问卷法
根据被审计单位的工作性质及内部控制审计内容、要求设计调查问卷，发放给调查对象，了解内部控制状况，寻找内部控制制度缺陷及管理缺陷。
（五）穿行测试法
审计人员选择若干具有代表性的事项进行从发生到最终结果的设计测试和运行测试。按照重要性原则，对一些风险高、舞弊可能性大、发生频繁、资金量大的业务活动，按照内部控制制度规定的流程和要求，检查实际运行情况，寻找与制度、流程不一致的地方，从而发现产生舞弊的关键控制环节及内部控制制度的设计缺陷。
